لا نستطيع القول ان مرضي وراثي لانه أيضا يرتبط بالعامل البيئي فقد يكون الطفل يحمل الجين المسبب للمرضي ثم يتعرض أولا يتعرض لبيئة تسبب ظهور أعراض المرض, ويرتبط التوحد بعدد من الجينات وليس جينا واحدا, وهذه بعض النظريات التي توصلت لها الأبحاث عن أسباب مرض التوحد:
لوحظ ان الأطفال الذين يعانون من التوحد يعانون من حساسية من مادة الكازين( وهي موجودة في لبن وحليب الابقار والماعز) وكذلك الجلوتين وهي مادة بروتينية موجودة في القمح ولشعير والشوفان.
عندما يأخذ الطفل المضاد الحيوي يؤدي ذلك إلي القضاء علي البكتيريا النافعة والضارة في نفس الوقت وإلي تكاثر الفطريات التي تقوم بدورها في افراز المواد الكيماوية السامج مثل حمض الترتريك والارابينوز والتي تكون موجودة أصلا ولكن بكميات صغيرة وقد لوحظ زيادة ونمو وتكاثر الفطريات في الأطفال الذين يعانون من التوحد بسبب كثرة استعمال المضادات الحيوية وكذلك احتواء الجسم والوجبات الغذائية علي كميات كبيرة من السكريات.
لقاح النكاف والحصبة والحصبة الألمانية: وجدان الأطفال المصابون بالتوحد يعانون من اضطرابات في جهاز المناعة مقارنة الأطفال الاخرين وهذه اللقاحات تزيد هذا الخلل وبعض الدراسات في المملكة المتحدة والولايات المتحدة الأمريكية اثبتت ان هناك علاقة بين حدوث التوحد وهذه اللقاحات.
عن حساب كمية الزئبق التي تصل للطفل عن طريق عطاء اللقاحات ـ وجد أنها أعلي بكثير من النسبة المسموح بها حسب لوائح منظمة الأغذية العالمية والأدوية الأمريكية وهذه النسبة تعتبر سامة وضارة بصحة الطفل وقد تكون من الأسباب التي تؤدي إلي التوحد.